Jarod est entre les mains du Centre. Maltraité par M. Lyle, tout de blanc vêtu, Jarod apprend que M. Parker et M. Raines sont partis et que Miss Parker est dieu seul sait où. M. Lyle dirige désormais le Centre. Le monde a changé ....
Lors d'une bagarre avec Sam, Jarod lui arrache un bouton et s'en sert pour dévisser une plaque d'écoulement. Il s'enfuit par des conduits mais arrive droit dans une cage !
Trois semaines passent. Lyle montre fièrement à Sydney ce qu'il estime être l'anéantissement du mental de Jarod et refuse qu'il aille le voir. De toute façon, Jarod part le lendemain. Matumbo qui a déjà emmené Raines et M. Parker, a décidé de s'en occuper lui-même. Jarod n'est plus la chose la plus importante du Centre. Un homme albinos, M. White, arrive.
Dans un hôpital psychiatrique, M. Parker retrouve sa fille. Il était en Afrique équatoriale et le triumvirat a essayé de le piéger. Il se méfie de M. Raines et a mis Brigitte en lieu sur. Il insiste avec conviction et force que le bébé doit absolument naître et rester en vie ! Jarod est la clé de leur survie selon M. Parker mais il n'en dit pas plus disant qu'il en a déjà trop dit. Il semble terrorisé et s'enfuit quand une infirmière les surprend et va avertir. Il part en disant qu'une famille peut être détruite par le plus faible de ses membres.
Miss Parker apprend avec stupeur qu'elle est internée dans un hôpital psychiatrique parce qu'elle aurait tenté de se suicider !
Après avoir été vacciné contre des maladies tropicales, Jarod comprend qu'on va l'emmener en Afrique.
Sydney se sert d'Angelo pour savoir où est enfermé Jarod dans le Centre. Broots a retrouvé Miss Parker dans un hôpital psychiatrique et a entendu l'Albinos de Lyle, M. White, parler du projet Silence.
Grâce à Angelo, Sydney parle avec Jarod. Lyle lui a dit que son père et Jarod II avaient été capturés. Un seul aurait survécu et que Jarod saurait qui en coopérant et en partant pour l'Afrique. Il semble même s'étonner que Sydney ne fasse pas confiance à Lyle !
Lyle arrive et emmène Jarod qui accepte de prendre des sédatifs malgré Sydney qui proteste. Jarod l'enlace pour lui dire au revoir et, au passage, lui mets les sédatifs dans la poche ......
Dans l'avion qui les emmène en Afrique, M. White dit à Sam qu'ils vont aussi en profiter pour s'occuper d'un projet de niveau A, le projet Silence. Au téléphone, il parle de l'explosion d'un bâtiment devant tuer la famille Nash à la demande de leur client, la société Raylor.
Jarod arrive à ouvrir ses menottes et à prendre l'arme de Sam. Il tire dans le fuselage et M.White se retrouve coincé dans le trou que la pression a fait dans la carlingue.
Jarod réussit à poser l'avion. M. White s'est enfui et Sam refuse de parler. Grâce aux documents trouvés dans un attaché-case et ce qu'il a entendu au téléphone, il va chercher à contrecarrer ce projet.
Au Centre, Lyle rassure Matumbo pendant qu'Angelo écoute sur le projet Silence car ils ont un complice. M. Raines fait sa réapparition, doux comme un agneau, ayant rencontré Dieu !
Sydney et Broots retrouvent Miss Parker qui veut sortir mais qui nie avoir eu des nouvelles de son père.
Elle arrive à s'enfuir et arrive chez elle pour trouver un message de son père qui doit venir la voir le soir même. Elle veut abattre Raines et le trouve en compagnie du Père Connelly, ami de Catherine Parker. Devant le revolver de Miss Parker, il regrette d'avoir essayé de tuer M. Parker mais affirme que les ordres venaient d'en haut. Puis il se met à genou acceptant son sort en priant. Miss Parker, dégoûtée, s'en va.
Broots apprend que c'est Lyle qui a fait interner sa soeur.
Le soir, M. Parker n'est pas au rendez-vous et a laissé un film où il est très très nerveux disant encore et toujours disant à sa fille d'être forte. Lyle arrive, prétendant qu'il l'a fait interner pour la protéger. Il réclame son aide et sa confiance pour se battre et que leur famille survive.
Jarod se fait passer pour un chercheur dans le centre où travaillaient Clare et Jason Nash et commence à fouiller partout trouvant un médaillon représentant le couple avec leur fille. Officiellement, ils sont morts dans l'explosion de leur voilier. Jarod essaie de se renseigner sur le projet Silence auprès de Sydney et Broots pour savoir qui est le complice du Centre. Angelo écoute la conversation téléphonique.
Il s'intègre en tant qu'agent maladroit auprès de l'équipe protégeant la famille Nash. Ils ont Clare mais recherchent toujours son mari et sa fille. Les Nash ont contacté les autorités quand ils ont découvert que la société Raylor utilisait leurs travaux à des fins illégales. Le reste de la famille a maintenant été retrouvé et elle doit être réunie le lendemain. Jarod rassure Clare en lui donnant le médaillon.
Jarod étudie les plans du Centre de Recherche pour trouver où la bombe sera placée. Il reçoit un courrier électronique d'Angelo avec une photo montrant un des agents de protection, Timson, en compagnie de Lyle et White. Mais le traître a déjà emmené Clare au lieu de rendez-vous, le centre de recherche, dont il a modifié l'horaire.
M. White installe sa bombe tandis que Jason et sa fille arrivent. Elle doit exploser 10 minutes plus tard. Jarod le surprend. M. White est chargé de retrouver la famille de Jarod et se dit désolé des rumeurs colportées sur sa mère. Il lui montre une photo d'Emily que Lyle l'a chargé de retrouver et arme la bombe. Il sort un dossier et dit que la dernière adresse d'Emily est dedans. Jarod a peut-être le temps de sauver les Nash et de récupérer le dossier que White met dans la chaudière mais pas s'il tente d'empêcher M. White de fuir. Le choix est vite fait et il arrive à sauver le dossier puis à désamorcer la bombe.
Timson qui s'apprête à s'enfuir avant l'explosion mais Jarod l'en empêche en fermant la porte à clé. Terrifié, Timson menace Jarod et un autre agent. Il parle de la bombe et est arrêté. La famille est réunie et Jarod a organisé leur nouvelle vie à l'abri du Centre.
Miss Parker qui arrive sur les lieux, ne trouve que le badge de Jarod ..... Elle est furieuse contre Lyle qui l'a envoyé dans un immeuble piégé.
M. Parker lui a laissé sur son répondeur un autre message. Il répète encore que Jarod est la clé de tout et l'a toujours été. Il l'engage à être méfiante, à être prudente et que la seule personne de confiance est son frère.
Jarod se rend chez Emily mais elle est partie le jour même. Le gérant de l'hôtel lui dit qu'elle est à la recherche de sa famille. Au téléphone avec Miss Parker, il dit que si le monde autour d'eux change, ce n'est pas le cas pour eux : ils sont toujours aussi seuls.